Dans le domaine de l'eau, la  Gestion intégrée  recouvre dans une unité fonctionnelle tous les domaines intéressant les  Milieux aquatiques  et leur fonctionnement, la qualité et la quantité des ressources, leur protection et leur répartition équitable entre usagers.

La loi sur l’eau du 3 janvier 1992 vise, dans ses principes et par les outils qu’elle crée ( SDAGE  et  SAGE ), à promouvoir une  Gestion intégrée  des eaux et des milieux aquatiques. La  DCE  et la  LEMA  confirment ces principes.

La condition nécessaire à la réussite de tout outil de gestion intégrée est la pertinence du périmètre de l’unité géographique qui doit être un bassin ou partie de  Bassin versant  répondant à une logique hydrographique ou bien un système  Aquifère  cohérent. C'est le cas avec les SAGE, les contrats de rivière, les plans de gestion des étiages ou le plan Garonne.

En application de la DCE, la gestion intégrée se poursuit et l'analyse s'affine au niveau des masses d'eau qui composent les unités cohérentes.