L'architecture du SIE a été définie pour permettre l’interopérabilité et la synchronisation entre les différents outils et banques de référence qui le constituent selon un dispositif de stockage et de mise à disposition des données optimisé et sans redondance. Cette architecture permet aux utilisateurs un accès simple aux données et aux services. L’emploi de métadonnées pour la localisation et la qualification des données est systématisé à travers la mise à disposition d'un catalogue de  Métadonnées .
Le Livre vert de l’architecture du SIE fixe les principes à respecter par les partenaires du SIE.