La notion d'état hydromorphologique vise à définir dans quelle conditions un cours d'eau fonctionne de manière compatible avec l'atteinte de la notion de Bon Etat. Les obstacles, endiguements, prélèvements de granulats au sein du lit du cours d'eau, enrochement, etc..., limite les capacités du cours d'eau à retrouver ce Bon Etat.

L'état hydromorphologique des cours d'eau a été estimé une première fois dans le cadre de l'état des lieux  DCE  de 2004, sur le linéaire des masses d'eau "cours d'eau". Le projet national SEEE (Système d'Evaluation de l'Etat de Eaux) vise à donner un cadre commun à la mesure de l'état des cours d'eau, compatible avec les contraintes de la DCE. Il intégrera un volet hydromorphologique, très important pour l'atteinte du Bon Etat, et particulièrement sur le volet biologiques.