Les indicateurs sur la qualité des eaux portent sur un grand nombre de paramètres :

• Les paramètres physico-chimiques qui permettent de disposer d’informations numériques sur la concentration de tel ou tel élément dans l’eau, les  Sédiments  ou même les organismes vivants.
• Les paramètres bactériologiques qui permettent de connaître l’état de contamination des eaux par les bactéries d’origine humaine et animale.
• Les paramètres biologiques qui permettent de connaître l’état des eaux à partir de la qualité du milieu vivant qui s’y trouve.

Enfin des indicateurs sur l’état géomorphologique du milieu aquatique permettent d’apprécier l’état physique du milieu aquatique qui conditionne la vie qui s'y développe.

Les Système d’Evaluation de la Qualité des eaux ( SEQ-Eau ) développés au plan national dans les années 1990 vont progressivement être remplacés par le système européen défini dans la DCE qui repose sur des seuils de concentration à ne pas dépasser et des indicateurs de "bon état" qui en sont déduits.

Les dispostifs de surveillance de l'état des masses d'eau mis en place dans chaque district de bassin reposent tous sur le même modèle avec :

• des  Contrôles de surveillance  dédiés à l’évaluation de l’état général des eaux à l’échelle du bassin et de la charge de pollution transportée vers le milieu marin,
• des contrôles opérationnels servant à confirmer l’état des masses d’eau en risque de non atteinte du bon état et à suivre leur évolution suite aux actions d'amélioration engagées
• des contrôles d’enquête pour déterminer les causes pour lesquelles une  Masse d’eau  n’atteint pas les objectifs environnementaux avant d’établir un  Contrôle opérationnel , ou de déterminer l’ampleur et l’incidence de pollutions accidentelles,
• des contrôles additionnels dans les zones protégées comme les périmètres des captages pour la production d'eau potable ou les sites de baignade

Un réseau de sites de référence permet de définir les conditions de référence des différents types de masses d’eau (cours d’eau et plans d’eau), contribuant ainsi à la définition du bon état.